跨学科论文在万方查重中的挑战主要体现在如何平衡不同学科领域的专业性和独创性。解决方法包括：1.深入研究跨学科领域，掌握各学科核心概念和研究方法；2.寻找共性问题，构建桥梁概念，打破学科壁垒；3.注重文献综述，扎实基础知识，减少重复性内容。通过这些方法，可以有效应对跨学科论文在万方查重中的挑战。

另外，跨学科论文在万方查重中还需要注意避免过分引用某一学科的研究成果，要注重整合各学科的研究成果，形成自己的见解和观点。同时，要注重论文结构的合理性，确保逻辑清晰，条理分明。此外，合理运用图表等辅助工具，可以更好地展现跨学科论文的研究成果，提高查重通过率。