万方查重是指利用万方数据库的查重系统进行文献查重。用户将待查文献上传至万方系统，系统通过比对万方数据库中的文献，给出查重结果和重复率。万方查重具有覆盖面广、检测速度快的特点，但需要付费使用。自建库查重则是用户自行建立文献数据库，利用查重软件对文献进行查重。自建库查重的优势在于可以根据用户需求自定义数据库，但建库和维护成本较高。选择万方查重还是自建库查重，需根据具体需求和经济条件做出权衡。

万方查重和自建库查重在查重原理和使用方式上有明显区别。万方查重是基于万方数据库进行查重，覆盖范围广，查重速度快，但需要付费。自建库查重则是用户自行建库进行查重，可以根据需求自定义数据库，但建库和维护成本较高。在选择查重方式时，需考虑到自身需求、经济条件和使用便捷性等因素，综合权衡选择最适合的查重方式。